جوجه کشی و گذاشته شدن در دستگاه جوجه کشی جمع آوری می شوند با خطر آلودگی های میکروبی و کاهش میزان کیفیت مواجه می باشند . هدف از عمل ضد عفونی به وسیله مواد شیمیایی پاک کننده سترون نمودن سطوح مختلف نمی باشد بلکه هدف کاهش حجم آلودگی میکروبی به کمترین میزان ممکن است زیرا دستیابی و حفظ محیط کاملا سترون در جوجه کشی امری بسیار مشکل است .
آلودگی های میکروبی و مواد آلی که محل مناسبی برای حضور باکتری ها و قارچ ها می باشند تقریبا در تمام نقاط یافت می شوند بنابراین باید تمام سطوح آلوده قبل از ضد عفونی شدن از این نوع مواد پاک گردند . مواد پاک کننده فقط بر روی سطوح تمیز موثر می باشند و اغلب در اثر تماس با مواد آلی همچون مدفوع به سرعت فعالیت خود را از دست داده بی اثر می شوند .
شانه های دستگاه جوجه کشی که تخم های نطفه دار در آن گذاشته می شوند باید حد اقل یک بار قبل از خواباندن تخم ها مورد شست و شو ضد عفونی قرار گیرند . در ضمن باید هنگام چیدن تخم ها در شانه های جوجه کشی از بروز آلودگی متقاطع در بین آنها جاوگیری به عمل آورد .
به عنوان یک اصل کلی تخم ها باید قبل از ذخیره شدن در سردخانه ویا قبل از این که در دستگاه جوجه کشی خوابانده شوند ضد عفونی گردند .